Explicació: la mutació dels virus i la nova variant de Covid-19 al Regne Unit - Setembre 2022

Les variants de SARS-CoV-2 de tipus britànic de ràpida propagació també es podrien desenvolupar de manera independent a l'Índia. La ignorància no pot ser felicitat. Un element bàsic de la vigilància de la malaltia és la cobertura i la densitat adequades per detectar els esdeveniments abans que es propaguen àmpliament. Molt més seqüenciació del genoma és fonamental.

Soca de coronavirus de Sud-àfrica, variant de Covid de Sud-àfrica, soca de Covid dEls passatgers del Regne Unit omplen formularis a l'aeroport internacional Chhtrapati Shivaji de Bombai. (Foto/Fitxer AP)

L'any 2020 serà recordat per l'aparició d'un nou virus: el coronavirus SARS 2 (SARS-CoV-2) i la pandèmia de Covid-19 que va provocar. Quan falten uns quants dies més, es preveu que el 2020 tanqui amb uns 84 milions de casos confirmats de Covid-19 i més d'1,8 milions de morts.



Malgrat aquesta tristesa, aquest també ha estat un any d'esperança, amb el desenvolupament, prova i aprovació de vacunes a una velocitat notable . Per primera vegada, una pandèmia de malaltia humana seria controlada per vacunes en temps real.

El premi Nobel Joshua Lederberg, un dels pensadors més influents de la biologia moderna, va dir una vegada: L'única amenaça més gran per al domini continuat de l'home al planeta és el virus. Dos avenços recents ens recorden per què els virus poden ser adversaris tan formidables.





Amb el descobriment de 58 persones que van donar positiu pel nou coronavirus a l'Antàrtida , la pandèmia ha arribat a tots els continents. I a virus mutant ha sorgit al Regne Unit, que amenaça de tornar a tancar el món, un món que comença a recuperar-se dels bloquejos i les restriccions de moviment.

La mutació dels virus

El material genètic o genoma del SARS-CoV-2 és un àcid ribonucleic (ARN) format per més de 30.000 unitats (anomenades nucleòtids). Entre les famílies de virus ARN, els coronavirus tenen el genoma més gran. La majoria dels altres virus d'ARN tenen de mitjana uns 10.000 nucleòtids. Quan els genomes es repliquen, qualsevol genoma, ja sigui ADN o ARN, des dels virus més petits fins als humans, hi ha errors aleatoris (o mutacions). Si bé els organismes superiors tenen la maquinària per corregir aquests errors, els virus i sobretot els d'ARN, no.



La majoria de les mutacions són perjudicials i aquests virus no es veuen mai. Només les mutacions que ofereixen algun avantatge selectiu donen lloc a l'evolució de noves variants virals.

L'evolució també requereix pressió de selecció. Per a un virus, aquesta podria ser la seva capacitat per infectar millor i multiplicar-se a un nombre més alt o evadir la immunitat de l'hoste. La baixa probabilitat d'aquests esdeveniments es compensa amb les altes taxes de multiplicació del virus. Per exemple, cada cèl·lula infectada pel coronavirus produeix unes 1.000 noves partícules de virus en menys de 12 hores.




patrimoni net d’Irina Shayk

El mutant al Regne Unit

Al Regne Unit es va descobrir recentment un grup o llinatge filogenètic diferent (anomenat B.1.1.7) de SARS-CoV-2. Els dos primers virus d'aquest llinatge es van recollir els dies 20 i 21 de setembre a Kent i al Gran Londres, respectivament. El 15 de desembre, aquest llinatge contenia 1.623 virus: 555 de Kent, 519 del Gran Londres, 545 d'altres regions del Regne Unit, com Escòcia i Gal·les, i quatre d'Austràlia, Dinamarca, Itàlia i Holanda.

En deu dies més —el 25 de desembre— el nombre d'aquestes variants de virus s'ha més que duplicat fins als 3.575; majoritàriament del Regne Unit, però ara també de França, Irlanda, Israel, Hong Kong i Singapur.



També a Explicat| Coronavirus mutat vs proves i vacunes

Què fa la mutació

En comparació amb les soques originals de SARS-CoV-2, els virus d'aquest llinatge han acumulat 23 mutacions en 5 gens. D'aquestes, hi ha 17 mutacions no sinònimes i sis sinònimes; els primers també canvien un aminoàcid en aquest lloc de la proteïna. És important destacar que de les 17 mutacions no sinònimes, vuit es troben a la proteïna espiga, la proteïna que permet que el virus s'uneixi a les cèl·lules i entri.



La mutació N501Y en un dels residus de contacte clau en el domini d'unió al receptor (RBD) de la proteïna espiga augmenta la seva afinitat pel receptor ACE2. La mutació P681H al lloc d'escissió entre els dominis S1 i S2 de la proteïna espiga promou l'entrada a cèl·lules susceptibles i augmenta la transmissió en models animals d'infecció.

El canvi N501Y també s'associa amb una major infecciositat i virulència en models animals. Ambdues mutacions es van observar anteriorment de manera independent, però s'han unit als virus variants del Regne Unit. El resultat és un virus que es propaga més ràpidament que abans.



L'expert

El doctor Shahid Jameel és un dels viròlegs més coneguts de l'Índia. Actualment, director de l'Escola de Biociències Trivedi de la Universitat d'Ashoka, abans va treballar per al Centre Internacional d'Enginyeria Genètica i Biotecnologia amb seu a Delhi, i després va exercir com a director executiu de l'Aliança Wellcome Trust/DBT que finança la investigació en salut.

El motiu de preocupació...

Hi ha una preocupació generalitzada que aquestes mutacions puguin impedir que les proves utilitzades actualment detectin el virus, el facin més letal o li permetin evadir les vacunes en desenvolupament. No hi ha proves fins ara per a cap d'aquests. Després de tot, aquestes variants es van trobar en persones que es van identificar com a positives amb les proves RT-PCR disponibles actualment.

Tanmateix, tot i que no hi ha evidència d'una malaltia més greu, hi ha evidència clara que aquesta variant és més contagiosa. Les persones infectades produeixen més virus al nas i a la gola, i això condueix a més eliminació de virus i més transmissió de persona a persona.

Tot i que aquestes variants semblen no ser més letals, amb més persones infectades hi hauria un nombre més alt (no percentatges) d'infeccions greus i morts. Això hauria de ser motiu de preocupació.

… I raó per no fer-ho

Tot i que hi ha múltiples mutacions a la proteïna de l'espiga, la majoria dels experts creuen que les vacunes actualment en desenvolupament també funcionaran amb els virus variants. Vineet Menachery, professor ajudant de microbiologia i immunologia a la branca mèdica de la Universitat de Texas a Galveston, EUA, ha proporcionat la primera evidència d'això.

El seu laboratori va comparar l'eficàcia de mostres de sèrum de pacients recuperats de Covid-19 per neutralitzar virus amb o sense la mutació N501Y. No van trobar cap diferència. Tot i que només es van compartir a Twitter el 23 de desembre i encara no formen part d'una publicació, aquests resultats són encoratjadors i tranquil·litzadors.

Nova soca de Covid-19, mutació de Covid-19, mutació de coronavirus, lEls viatgers miren els taulers d'informació de l'estació de King's Cross, mentre els països de la UE imposen una prohibició de viatjar al Regne Unit després del brot de coronavirus, a Londres, Gran Bretanya, el 21 de desembre de 2020. (Foto de Reuters)

Vols fora, no mutació

L'Índia ha aturat tots els vols des del Regne Unit i ha augmentat la vigilància als aeroports per aturar la importació de les variants altament transmissibles. Tot i que sembla una estratègia raonable, aquestes variants també es podrien desenvolupar fàcilment dins del país. Després de tot, l'Índia té més de 10 milions d'infeccions confirmades i s'estima que entre 150 i 200 milions de persones ja estan infectades.

Una variant de propagació ràpida anomenada 501.V2 va sorgir de manera independent a Sud-àfrica i comparteix la mutació N501Y amb les variants del Regne Unit. Tot i que la variant N501Y encara no s'ha trobat a l'Índia, els virus amb la mutació P681H van començar a sorgir al juliol i actualment el 14% del SARS-CoV-2 que circula a l'Índia porta aquesta mutació.

Aquests virus són principalment de Maharashtra, amb alguns també de Bengala Occidental. Només caldria una mutació més per arribar on és avui el Regne Unit. I això també ens hauria de preocupar a l'Índia.

La reacció ràpida és clau

Per detectar l'aparició de noves variants virals abans que s'estenguin àmpliament a la població, l'Organització Mundial de la Salut (OMS) recomana determinar la seqüència genòmica del virus d'almenys un de cada 300 casos confirmats (o el 0,33%). El Regne Unit ha seqüenciat 135.572 o el 6,2% de variants virals dels seus 2,19 milions de casos, mentre que Sud-àfrica i els EUA han informat de seqüències del genoma del 0,3% dels casos confirmats.

Tanmateix, l'Índia fins ara només ha seqüenciat 4.976 virus o un 0,05% dels seus més de 10 milions de casos. A aquest ritme, romandrem aliens a l'aparició de noves variants fins que ja sigui massa tard. Un element bàsic de la vigilància de la malaltia és la cobertura i la densitat adequades per detectar els esdeveniments abans que es propaguen àmpliament.

Boris Johnson reforça el bloqueig del Regne Unit, citant una versió del virus de ràpida propagacióUna parella creua la carretera mentre porten un paraigua i bosses de la compra, a Mayfair, abans de les noves mesures de restricció de nivell 4, a Londres, dissabte 19 de desembre de 2020. (Foto AP)

Condicions índies favorables

Un altre motiu de preocupació és que les condicions hipotetitzades per donar lloc a la variant del Regne Unit també estan presents a l'Índia. Els pacients immunodeficients o immunosuprimits, que s'infecten crònicament amb SARS-CoV-2, romanen positius per a l'ARN viral durant 2-4 mesos en lloc de les habituals 2-3 setmanes. Aquests pacients solen ser tractats amb plasma convalescent (de vegades més d'una vegada) i normalment també amb el fàrmac remdesivir.

La seqüenciació del genoma del virus d'aquests pacients ha revelat un nombre inusualment gran de canvis de nucleòtids. També se sap que la diversitat genètica del virus intra-pacient augmenta després de la teràpia amb plasma. El mal estat nutricional és una causa coneguda de sistemes immunitaris febles i els metges de l'Índia han informat d'una infecció crònica en un subconjunt de pacients.

Queden diverses incògnites

La teràpia de plasma i el remdesivir també s'han utilitzat àmpliament per tractar pacients amb Covid-19 a l'Índia. A més, el plasma s'ha administrat a l'Índia sense provar primer els nivells d'anticossos neutralitzants. Tot això creen oportunitats perquè també sorgeixin variants del tipus del Regne Unit a l'Índia. Però no hem seqüenciat prou per saber si això ha passat.

Fins i tot amb una cobertura baixa, les seqüències de l'Índia estan esbiaixades per a ubicacions urbanes, especialment els metres on es troben els laboratoris de seqüenciació. Això necessita una cobertura més àmplia per incloure totes les parts del país. El Consell Indi d'Investigació Mèdica pot facilitar aquest procés proporcionant accés a mostres de pacients amb Covid-19 a laboratoris d'investigació que tinguin capacitat per a la seqüenciació genòmica i l'anàlisi de dades. La vigilància en temps real proporcionarà dades denses i granulars per establir polítiques basades en evidències.

L'Índia ha aturat tots els vols des del Regne Unit i ha augmentat la vigilància als aeroports per aturar la importació de les variants altament transmissibles. (Foto exprés: Partha Paul)

Avançar amb 'SMS'

Quan les vacunes es desplegaran més àmpliament, hi hauria més pressions de selecció sobre el virus per canviar. Els mutants d'escapament de vacunes són ben coneguts per a altres virus i també sorgiran per al SARS-CoV2. Només una vigilància genètica adequada detectarà qualsevol fracàs de la vacuna a temps.

A mesura que ens apropem al 2021, el missatge als responsables polítics i al públic és clar. Els que supervisen la salut pública han de buscar contínuament noves proves per fer polítiques a nivell de població. A nivell individual, cadascú de nosaltres ha de treballar per reduir la transmissió del virus: menys transmissió significa menys oportunitats perquè el virus canviï. I l'SMS és l'única eina disponible per a nosaltres en aquest moment: distanciament social , mascaretes i desinfecció.